Sejarah berdirinya SIK dimulai sejak dibukanya kembali Kantor Penghubung Republik Indonesia untuk Malaysia, 1967. SIK dibuka untuk memenuhi keperluan pendidikan bagi putera-puteri pegawai KBRI Malaysia. Atase Pendidikan saat itu, Bapak Bambang Sumadio menanggapi positif dan meskipun dengan sarana prasarana yang terbatas, cikal bakal SIK sudah mulai dalam bentuk pembelajaran seminggu sekali, setiap Hari Sabtu, oleh hanya dua orang guru saat itu, Bapak Umar Rauf dan Bapak Rawi Hadis.Kegiatan belajar berlangsung tersendat dan sempat dihentikan karena mengalami kesulitan dalam pembiayaan.
Setelah Atase Pendidikan dan Kebudayaan diserah terimakan kepada Bapak Muhammad Alwi Oemry. Kegiatan belajar dibuka kembali. Prakarsa untuk mendirikan SIK itu memperoleh dukungan sepenuhnya dari Bapak Mayjen H. A. Thalib Gelar Deputi Santio Bawo, Duta Besar Luar Biasa dan Berkuasa Penuh untuk Kerajaan Malaysia beserta jajarannnya. SIK diresmikan pada 10 Juli 1969 dengan pengguntingan pita oleh Ibu Nurdjanah Thalib, istri Duta Besar LBBP, dan kata sambutan dari Yang Mulia Dato’ Haji Abdul Rachman Yakob, Menteri Pelajaran Malaysia pada saat itu. Doa penutup disampaikan oleh Bapak R.S. Sofyan, yang menjadi guru mata pelajaran Agama. Atase Pendidikan dan Kebudayaan,.SIK, Bapak Muhammad Alwi Oemry ditugaskan sebagai kepala SIK yang pertama. Secara resmi pendirian SIK telah ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 05/1971 tanggal 7 Januari 1971.